意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!·(中国区)意昂4凯捷体育(中国)创新平台,注册畅享文化之梦!-變異檢測-經典案例-諾禾致源

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變異檢測

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Variation detection based on next-generation sequencing of type Chinese 1strains of Toxoplasma gondii with different virulence from China

期刊： BMC Genomics
影響因子：3.986
发表单位：安徽医科大学、諾禾致源
發表年份：2015年10月

一、研究背景

剛地弓形蟲（Toxoplasma gondii Nicolle&Manceaux, 1908）寄生于人和许多种动物的有核细胞U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，但只能在猫科动物的肠道内繁衍熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，能够引起人畜共患的弓形虫病K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。与北美和歐洲群体遗传结构不同杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce，Chinese 1 (ToxoDB#9)是中國的弓形虫优势基因型lehu国际乐虎(China)-官方平台网站HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐。在Chinese 1型弓形虫中熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，Wh3（强毒株）和Wh6（弱毒株）对小鼠表现出了不同的毒力U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。本研究拟通过全基因组重測序技术HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，从基因组水平探究两种虫株表型及致病性差异的原因K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。

二、方法流程

取材

建庫

測序

分析

強毒株Wh3蟲株
弱毒株Wh6蟲株

构建500 bp文库

1. 利用HiSeq 2000熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台， PE100測序平台
2. 測序深度：
Wh3爲63.91X；Wh6爲63.61X

1. SNP、indel、CNV、SV的
檢測及注釋
2. 毒力相关因子的信息分析
3. qRT-PCR分析

三、研究結果

1. SNP、indel检测及注释
與參考基因組比對發現：Wh3中共有505,856個SNPs熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，30,004個indels；Wh6中共有505,654個SNPs杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，30,658個indelsPA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAcelehu国际乐虎(China)-官方平台网站HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。進一步分析兩樣本特有變異XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，發現Wh3中特有SNP和indels分別位于2,847和2,452個基因中lehu国际乐虎(China)-官方平台网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，Wh6中特有SNP和indels分別位于2,868和2,613個基因中熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。
2. CNV、SV检测及注释
与参考基因组比对发现：Wh3中共有2,320个SVsXC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，1,942个CNVs；Wh6中共有4,661个SVs杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，3,080个CNVsU8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。其中K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，Wh3含有85个片段插入（总长度：282,700 bp）PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce，2,995个片段缺失（总长度：4,940,000 bp）；而Wh6含有90个片段插入（总长度：328,800 bp）熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站lehu国际乐虎(China)-官方平台网站，1,852个片段缺失（总长度：7,157,700 bp）lehu国际乐虎(China)-官方平台网站杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。
3. 毒力相关因子的变异信息分析
通過對與弓形蟲毒力和侵染性相關的一系列關鍵因子（ROPs、GRAs、MICs、RONs和SAGs）的變異信息分析XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，發現與其他影響因子相比lehu国际乐虎(China)-官方平台网站熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，GRA3和RON3的編碼基因中含有更多的SNPs和indels；其中：GRA3編碼基因含有35個SNPs和2個indelsK8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，RON3編碼基因含有89個SNPs和6個indels杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce。
另一有趣发现是熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，与I、II和III型弓形虫相比K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，Chinese 1型弓形虫的ROP16和GRA15表现为多态性的ROP16I/III和GRA15IIPA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceK8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。
4. qRT-PCR分析
为发现与Wh3和Wh6表型差异相关的基因PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceHOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，分别对Wh3、Wh6和RH这三种虫株进行qRT-PCR分析U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」lehu国际乐虎(China)-官方平台网站XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。与强毒株Wh3相比熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceK8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发，发现在弱毒株Wh6中熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，GRA3和RON3的基因表达量显著上调PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAceU8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」，而ROM4, profilin, M2AP, AMA1, RON2, RON3和RON4的基因表达量显著下调熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」。与参考基因组虫株RH相比杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，发现在Wh3和Wh6中熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，SRS9, ROP8, MIC8和RON5的基因表达量均上调PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce，而SAG1, ROP5和ROP18的基因表达量均下调XC sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

四、研究結論

通过对Wh3和Wh6两种虫株的全基因组重測序分析PA体育-视讯(中国区)官网 - PlayAce熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，发现与I型弓形虫参考基因组相比U8国际「强保障平台,让娱乐更有趣!」熊猫体育【China版权】官方网站 - 最全赛事直播平台熊猫体育-【中国区】官方直播平台网站，Chinese 1型弓形虫中出现了大量的基因组结构变异HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来K8凯发就来凯发集团【China官网】天生赢家一触即发。重測序及qRT-PCR分析U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，发现有26个影响因子表现出显著差异U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐，推测它们与弓形虫表型及致病性差异相关U8国际·科技赋能场景,更省心娱乐杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来。