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單細胞技術拓展（FLex、微生物）

单细胞Flex文獻案例

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Robust detection of clinically relevant features in single-cell RNA profiles of patient-matched fresh and formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) lung cancer tissue^[1]

發布平台：Cellular Oncology
发表单位：Berlin Institute of Health at Charité
發表時間：2024年2月

一、研究背景

在临床中使用新鲜组织进行單細胞測序有较为严重的局限性U8国际·[股份]有限公司官网球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会，例如需要快速的进行组织处理U8国际·[股份]有限公司官网，最近的技术进步允许在FFPE组织中进行单核测序DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，可以更快地将scRNA-seq图谱与临床特征相关联球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，因为许多重要的临床特征DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩，如肿瘤遗传学、治疗反应和患者生存期意昂体育·[官方网]有限公司官网，只能在样本采集后数周至数年才能获得DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。本文作者对来自同一患者的新鲜、冷冻和FFPE临床组织样本进行并排比较分析博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，发现与新鲜组织相比FFPE组织强有力地保存了有关细胞类型和患者特征的临床相关信息HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。

二、研究結論

新鮮組織和FFPE組織均可以通過單細胞轉錄組探究信號通路、Hallmark等臨床相關信息球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，FFPE組織的單細胞RNA測序與新鮮組織的分析相當U8国际·[股份]有限公司官网，且FFPE組織顯示出更高的細胞多樣性球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，FFPE樣本的單細胞研究展現出在回顧性病理隊列研究的巨大潛力U8国际·[股份]有限公司官网意昂体育·[官方网]有限公司官网，並在轉化醫學項目中具有較大適用性意昂体育·[官方网]有限公司官网U8国际·[股份]有限公司官网。

微生物单细胞文獻案例

Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq^[2]

發表時間：2023.6
发表期刊：Nature Communications
IF：16.6

一、研究背景

文章報告了一種基于液滴的高通量單微生物RNA-seq測定方法——smRandom-seq熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，具有條形碼效率高、物種特異性高（99%）、交叉汙染星蛴阎辈�,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。�1.6%）和自動化能力強等特點杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。作者通過這個技術驗證了大腸杆菌、革蘭氏陰性菌（鮑曼不動杆菌、肺炎雙球菌和銅綠假單胞菌）和革蘭氏陽性菌（枯草杆菌和金黃色葡萄球菌）的異質性DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。這項研究爲科研人員提供了一種高通量單微生物轉錄組圖譜分析工具球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，它將促進未來在微生物耐藥性、持久性、微生物-宿主相互作用和微生物組研究方面的發現杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网意昂体育·[官方网]有限公司官网。
作者使用smRandom-seq對大腸杆菌和枯草芽孢杆菌的混合樣本進行檢測意昂体育·[官方网]有限公司官网，以評估文庫的純度（下圖a）HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网。smRandom-seq的雙胞率較低（1.6%）意昂体育·[官方网]有限公司官网杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来，物種特異性較高（枯草芽孢杆菌99.6%；大腸杆菌98.4%）（下圖b）U8国际·[股份]有限公司官网熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播。此外娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口U8国际·[股份]有限公司官网，還進行了鮑曼不動杆菌、肺炎克雷伯菌、大腸杆菌的三菌混合smRandom-seq實驗博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。UMAP分析顯示三個物種分別聚類U8国际·[股份]有限公司官网，三菌混合的雙胞率爲2.8%意昂体育·[官方网]有限公司官网熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台。對常見的臨床致病菌進行檢測以確認smRandom-seq的普適性球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会U8国际·[股份]有限公司官网HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来，smRandom-seq方法在這些細菌中表現出了良好的性能（下圖c）球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来。

smRandom-seq性能檢測

三菌混合檢測作者應用smRandom-seq方法分析了抗生素治療下單個大腸杆菌的轉錄組變化HOME-杏鑫平台-杏鑫娱乐共创美好未来博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩，並發現了抗生素耐藥亞群DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台。該文章爲科研工作者提供了一種新的方法娱乐中心-大厅.在线娱乐—用户注册入口球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，可以研究在壓力下單個細菌如何適應杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台，及與其他細菌互作DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台球友会-qy球友会-（中国）千亿球友会。可以有效預測哪些亞群將進化出抗性並生存下來影響健康球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播熊猫体育app官方入口（中国官方）认证体育赛事直播平台DB旗舰·(中国区)官方app网站有限公司官网，並弄清楚細菌耐藥性和持久性的機制球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播，對細菌感染的精確診斷和治療具有重要價值球友直播,球友体育,球友足球直播,球友体育直播杏宇平台|杏宇娱乐|杏宇引领传媒未来博天堂(918)官方网站 - 让你更精彩。

smRandom-seq鑒定了對氨苄西林反應不同的亞群

參考文獻

[1] Trinks A, Milek M, Beule D, et al. Robust detection of clinically relevant features in single-cell RNA profiles of patient-matched fresh and formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) lung cancer tissue. Cell Oncol (Dordr). 2024;47(4):1221-1231. doi:10.1007/s13402-024-00922-0
[2] Xu Z, Wang Y, Sheng K, et al. Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq. Nat Commun. 2023;14(1):5130. Published 2023 Aug 23. doi:10.1038/s41467-023-40137-9”

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Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq[2]

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Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq^[2]