豬（Sus scrofa）是目前分布最广泛的家畜之一尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，具有重要的经济性状fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，从分子水平研究猪的遗传变异官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心B·体育【中国官】B-sports登录入口，对猪的分子育種和遗传改良具有重要价值球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。

2024年12月26日B·体育【中国官】B-sports登录入口球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，西北农林科技大学动物科技学院、中國农业大学动物科学技术学院在国际期刊iMeta（IF：23.8）上发表题爲“Pangenome and genome variations analysis of pigs unveil genomic facets for their adaptation and agronomic characteristics”的研究文章官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。该工作通過高质量的猪圖形泛基因组的构建和结构变异的全面解析杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，爲深入理解猪抗逆性和重要经济性状形成的机制提供了数据基础杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，爲猪分子育種和遗传改良提供了新靶标球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。諾禾致源爲本研究提供了部分二代、三代建庫測序服務fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88B·体育【中国官】B-sports登录入口。

主要結論

基因組組裝注釋杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，圖形泛基因組的構建

本研究利用PacBio HiFi和Hi-C技术爲三个地方猪种（八眉豬（BM））、蕨麻豬（JM）、汉江黑豬（HJB））和一个外来猪种（大白豬（LW））组装了基因组熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。基因组的Contig N50爲48.2—81.2 MbB·体育【中国官】B-sports登录入口杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，BUSCO完整度爲97.8%—98.0%EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，与目前国际通用的猪参考基因组（Sscrofa11.1）质量接近球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。把HJB、 LW和之前组装的10个Contig水平基因组（BUSCO：95.5%—97.7%）挂载爲染色体水平基因组熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。在14个新基因组中尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台，BM和JM猪分别注释了25,586个和25,406个基因；BUSCO分析显示球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，注释完整度达到了94.49%球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。

利用來自亞洲（17个）、歐洲（9个）和非洲（1个）的总共27个猪基因组杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站B·体育【中国官】B-sports登录入口，构建猪圖形泛基因组（Minigraph-Cactus方法）尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，Mash分析显示杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站B·体育【中国官】B-sports登录入口，亚洲品种的遗传多样性高于歐洲品种杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。相比于之前发表的猪基因组泛序列球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，本次泛基因组泛序列长度不是最长球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，但是其非重复序列最长（133.11 Mb）球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，且重复比例最低（55.03%）球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，GO和KEGG富集分析显示熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台B·体育【中国官】B-sports登录入口杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，泛序列中注释到的基因在伤口愈合和免疫过程中高度富集球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。

結構變異與群體遺傳分析

運用Pangenie流程B·体育【中国官】B-sports登录入口EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，基于泛基因组所识别的SVs对598个个体进行基因分型熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心B·体育【中国官】B-sports登录入口。分别鉴定到了228,326个SVs（95,301个INS和133,025个DEL）fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。基于二代检測的Manta方法鉴定到了276,032个SVs（78,846个INS和197,186个DEL）熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。与Manta相比尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，Pangenie识别到了57,444个大于1 Kb的插入（INS）尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。结果表明B·体育【中国官】B-sports登录入口，在大片段插入类型SVs的检測方面B·体育【中国官】B-sports登录入口球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台，Pangenie更具优势fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88B·体育【中国官】B-sports登录入口。

與選擇性清除相關的編碼變異的功能影響

通過将基因組測序数据与环境变量进行关联分析官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，分别運用LFMM和RDA兩種方法進行研究球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，鑒定到了高海拔適應相關基因（KIT、EPAS1和EGLN1）球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台，同時fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88B·体育【中国官】B-sports登录入口，也新鑒定到了新基因HAMP（與紅細胞生成和鐵穩態相關）和SYK（與脂肪沈積相關）球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。此外球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，鑒定到了一個73 bp的插入（chr9：64,794,429 bp）杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，位于ETNK2的內含子區域球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台，與豬的環境溫度適應性顯著相關熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。

圖1 猪泛基因组构建和遗传结构分析

豬體型大小的選擇信號分析

通過SVs的遗传分化指数（Fst）分析发现官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，在体型大小性状上熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，小型猪和正常体型猪的选择指数平均值爲0.13EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」B·体育【中国官】B-sports登录入口杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。在受选择值最高的基因组区域（chr5：85.6—85.65 Mb）杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，鉴定到了基因TRNAD-GUC和MIR135-2EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。功能分析表明球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，它們可能在骨骼發育中發揮作用球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。在Fst值第二高（0.89）的區域球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，定位到了CDKAL1fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，该基因与体重调节关系密切熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。同时杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，还检測到了其它候选基因：PTPRT（采食量和體型相關）、PLPPR1（磷脂代謝相關）和NFIA（葡萄糖稳态和骨骼发育相关）fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」。这些基因爲解析猪体型大小发育机制提供了数据基础熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。核苷酸多样性（π）分析显示EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，正常体型猪种的多样性低于小型猪种组EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。其中尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，在两种方法中均检測到了APL2和PTPRT官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88B·体育【中国官】B-sports登录入口。PigQTL、GO富集分析和PigBiobank数据庫分析发现杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88B·体育【中国官】B-sports登录入口，这些候选基因与生长和发育过程密切相关熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。研究共鉴定到36个共定位的受选择区域fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，GO富集分析表明这些基因与成骨和骨小梁形成相关球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。其中熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，OPA1在正常體型豬和小型豬間存在差異EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛。PigBiobank分析顯示OPA1與體重和采食量相關尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。

肌內脂肪含量（IMF）的選擇信號分析與功能研究

将不同猪种分爲高肌内脂肪和祱D∧谥�肪组进行受选择分析杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88。在受选择区域内球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，定位到了KIT基因杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台，近期有研究表明該基因與肉色和肉質相關球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。此外官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，利用SVs還定位到了其它肉質相關基因：WWOX（與脂質代謝相關）、SND1（參與膽固醇調節）和ROCK1（影響肌肉生成和肉質）杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站B·体育【中国官】B-sports登录入口熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台。核苷酸多樣性（π）分析显示官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，高IMF组中的π值显著高于低IMF组杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。通過Fst和π分析B·体育【中国官】B-sports登录入口fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，共识别了7个共定位的选择性区域杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版，主要与脂质代谢相关官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站。GO富集分析、PigBiobank和PigQTL分析结果表明fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心，这些候选基因与肉质性状相关球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台。Real-time分析显示杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版熊猫体育【中国版权】官方网站 - 最全赛事直播平台EON4-意昂4凯捷「强保障平台,更省心注册」，这些候选基因在高低IMF猪中表达量显著差异（p < 0.05）杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站fun88·(乐天堂)中国区官网_FUN88，表明它们在IMF沉积中具有潜在调控作用球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台B·体育【中国官】B-sports登录入口。

Fst分析显示杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站，在亚洲猪和歐洲猪间候选基因BTF3（Fst=0.81）的单倍型差异显著球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛B·体育【中国官】B-sports登录入口杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。在CDS上游414 bp的区域B·体育【中国官】B-sports登录入口，存在一个20 bp的缺失球速体育(中文)官方网站 - 最全赛事直播平台杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛，其可能影响猪IMF的沉积杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版官网- 杏宇平台 | 官方(China)注册 - 会员登陆中心。过表达（pcDNA3.1-BTF3）和干扰（si-BTF3）实验表明尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版，BTF3促进脂肪细胞增殖杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站杏XC彩sport·(中国)集团娱乐官方网站登录入口全站版。

圖2 体型大小、肌内脂肪候选基因筛选和功能分析

文章亮點

1.本研究构建了迄今爲止包含个体数最多的猪圖形泛基因组；
2.發現BTF3是調節豬肌內脂肪沈積和肉質的關鍵候選基因；

3.基因組結構變異調控豬抗逆性和重要經濟性狀的形成球客岛_球客直播_足球直播_体育直播_nba直播_球客岛杏鑫平台|杏鑫娱乐-专为杏鑫提供注册登录服务的网站尼斯人app官网下载官方版(官网)下载最新版。

參考文獻：

[1] Dong Li, Yulong Wang, Tiantian Yuan, Minghao Cao, Yulin He, Lin Zhang, Xiang Li et al. 2024. “Pangenome and genome variations analysis of pigs unveil genomic facets for its adaptation and agronomic characteristics.” iMeta 3. e257. https://doi.org/10.1002/imt2.257